De interne organisatie van PPO-NK is als volgt opgebouwd.
Vast in de formatie
Directeur-bestuurder
Manager bedrijfsvoering & kwaliteit
Medewerker beleid & kwaliteit
Management assistente
Consulenten Passend Onderwijs
Gedragsdeskundigen
Flexibele schil (op basis van inhuur of detachering)
Controller
Projectleiders
Ambulant begeleider Nieuwkomers
Inclusieondersteuners
HB-coördinatoren.